根据最高人民法院执行死刑的命令，11月24日，石家庄市中级人民法院对“三鹿”刑事犯罪案两名案犯张玉军、耿金平执行死刑。 2009年1月21日，石家庄市中级人民法院作出刑事判决，认定被告人张玉军犯以危险方法危害公共安全罪，判处死刑，剥夺政治权利终身；认定被告人耿金平犯生产、销售有毒食品罪，判处死刑，剥夺政治权利终身，并处没收个人全部财产。宣判后，张玉军、耿金平提出上诉。河北省高级人民法院经依法开庭审理，于3月26日裁定驳回张玉军、耿金平上诉，维持原判，并依法报请最高人民法院核准。
毒奶粉源头
张玉军制造了含三聚氰胺的“蛋白 粉”
最高人民法院经复核确认：2007年7月，被告人张玉军明知三聚氰胺是化工产品、不能供人食用，人一旦食用会对身体健康、生命安全造成严重损害的情况下，以三聚氰胺和麦芽糊精为原料，在河北曲周县河南瞳镇第二瞳村，配制出专供在原奶中添加、以提高原奶蛋白检测含量的含有三聚氰胺的混合物（俗称“蛋白 粉”）。
后来，张玉军将生产场所转移至山东济南市市中区党家庄村，购买了搅拌机、封口机等生产工具，购买了编织袋，定制了不干胶胶条，陆续购进三聚氰胺192．6吨、麦芽糊精583吨，雇佣工人大批量生产“蛋白 粉”。至2008年8月，张玉军累计生产“蛋白 粉”770余吨，并以每吨8000元至12000余元不等的价格销售给张彦章（同案被告人，已判刑）及黄瑞康、张树河、刘继安、周全彬（均另案处理）等人，累计销售600余吨，销售金额683万余元。
在此期间，张玉军生产、销售，张彦章销售的“蛋白 粉”又经赵怀玉、黄瑞康等人分销到石家庄、唐山、邢台、张家口等地的奶厅（站），被某些奶厅（站）经营者添加到原奶中，销售给原石家庄三鹿集团股份有限公司等奶制品生产企业。
致命的一环
耿金平在原奶中添加“蛋白 粉”后卖给三鹿
最高人民法院认为，被告人张玉军大量生产、销售专供往原奶中添加的“蛋白 粉”，经逐级分销后被添加到原奶中，奶制品生产企业使用此类原奶生产的婴幼儿奶粉等奶制品流入市场后，对广大消费者特别是婴幼儿的身体健康造成严重损害，造成多名婴幼儿致病死亡，其行为构成以危险方法危害公共安全罪。
张玉军犯罪情节极为严重，犯罪手段极其恶劣，社会危害性极大，应依法惩处。第一审判决、第二审裁定认定的事实清楚，证据确实、充分，定罪准确，量刑适当。依照《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百九十九条和《最高人民法院关于复核死刑案件若干问题的规定》第二条第一款的规定，最高人民法院裁定核准河北省高级人民法院维持第一审以危险方法危害公共安全罪判处被告人张玉军死刑，剥夺政治权利终身的刑事裁定。
最高人民法院认为，被告人耿金平的行为已构成生产、销售有毒食品罪。原三鹿集团以耿金平交售的原奶为原料生产的含有三聚氰胺的婴幼儿奶粉等奶制品流入市场后，给婴幼儿的身体健康及生命安全造成严重损害。
耿金平在共同犯罪中系主犯，犯罪情节、后果均特别严重，亦无法定、酌定从轻的情节。第一审判决、第二审裁定认定的事实清楚，证据确实、充分，定罪准确，量刑适当。最高人民法院裁定核准河北省高级人民法院维持第一审以生产、销售有毒食品罪判处被告人耿金平死刑，剥夺政治权利终身，并处没收个人财产的刑事裁定。